その他公開日:2025年11月19日

【年末調整 要注意事項】住宅ローン控除の「調書方式」により年末残高証明書の発行がされない方が発生します

2025年年末調整における留意事項について情報提供を致します。
令和4年度税制改正において、住宅ローン控除の適用に係る手続について、これまでの年末残高証明書を用いる従来の「証明書方式」から、年末残高調書を用いる「調書方式」とする改正が行われました。
2025年年末調整から「調書方式」による住宅借入金等特別控除の適用を受ける従業員が発生する可能性がある為注意が必要です。
証明書方式と調書方式の概要は次のとおりです。
  • 「証明書方式」
    住宅ローン控除の適用を受ける納税者(従業員)の方が、住宅ローン債権者(以下「債権者」といいます。)である金融機関等から交付を受けた年末残高証明書を確定申告又は年末調整の際に税務署又は勤務先に提出する方式
  • 「調書方式」
    債権者が税務署に「住宅取得資金に係る借入金等の年末残高等調書(以下、「年末残高調書」といいます。)」を提出し国税当局から納税者(従業員)に住宅ローンの「年末残高情報」を提供する方式
  • ※「年末残高調書」を提出する債権者において、この改正に対応するためのシステム改修等への対応が困難な場合には引き続き「証明書方式」とすることができる経過措置が設けられています。
  • ※「調書方式」に対応している金融機関から借り入れした場合であっても、「調書方式」とするか「証明書方式」とするかは納税者(従業員)が選択します。
  • ※マイナンバーカードを取得していない納税者(従業員)は「調書方式」を選択することができません(マイナポータルと連携する必要がある為)。
住宅ローン控除の適用に係る手続(年末残高調書を用いた方式)について(国税庁)
「調書方式」では年末残高証明書は発行されず、住宅借入金等特別控除申告書に年末残高が記載され、その名称は「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書 兼 年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」に変更されます。
年末調整における「調書方式」の留意事項は次のとおりです。
  • (1)税務署から従業員の方への「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書 兼 年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」(以下「控除証明書等」といいます)の交付時期が、これまでの「証明書方式」の場合と異なります。
  • (2)控除証明書等は、毎年11月中旬頃に、従業員の方のe-Taxメッセージボックスに交付されます。
    ※「電子交付」された控除証明書等の受付に対応していない場合は、従業員の方が、国税庁が提供する「QRコード付証明書等作成システム」から控除証明書等を書面出力し、提出することとなります。
  • (3)従業員の方が提出する控除証明書等には、住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書の添付が不要となります。
  • (4)控除証明書等は、原則、「住宅借入金等の年末残高」や「住宅借入金等特別控除額(見込額)」を記録し、又は記載した上で、税務署から従業員の方に交付されます。
    ※借換えのある場合など、控除証明書等に「住宅借入金等特別控除額(見込額)」が記録又は記載されずに交付される場合もあります。

詳細は次のURLよりご確認頂けます。

【PDF】「調書方式」による住宅借入金等特別控除の適用について(国税庁)
【PDF】住宅ローン控除の確定申告には事前準備が必要です!(国税庁)
年末調整で住宅借入金等特別控除の適用を受ける方へ(国税庁)
住宅ローン控除の適用に係る手続(年末残高調書を用いた方式)に関するよくある質問(国税庁)
住宅ローン控除における「調書方式」の取扱開始について(住宅金融支援機構)