マイカー通勤手当の非課税限度額遡及改定の可能性について

令和7年人事院勧告を受け、通勤手当に係る所得税の非課税限度額の改正が遡って行われる可能性が示されました。
遡って改正される場合は年末調整での対応が必要となる可能性があり実務において大きな負荷がかなります。
以下、解説をしていきます。
自動車などの交通用具使用者に対する通勤手当の非課税限度額は、所得税法施行令第20条の2で具体的に規定されています。
所得税法施行令（e-gov）
2025年8月7日に令和7年人事院勧告が行われ、2025年4月1日以降の措置内容として、自動車などの交通用具使用者に対する通勤手当の額の引上げが次のとおり勧告されました。

なお（２）の具体的な引上げ額等は次のとおりです。

距離	現行	改正後	差額
５㎞未満	2,000円	2,000円	引き上げなし
５㎞以上10㎞未満	4,200円	4,200円	引き上げなし
10㎞以上15㎞未満	7,100円	7,300円	＋200円
15㎞以上20㎞未満	10,000円	10,400円	＋400円
20㎞以上25㎞未満	12,900円	13,500円	＋600円
25㎞以上30㎞未満	15,800円	16,600円	＋800円
30㎞以上35㎞未満	18,700円	19,700円	＋1,000円
35㎞以上40㎞未満	21,600円	22,800円	＋1,200円
40㎞以上45㎞未満	24,400円	25,900円	＋1,500円
45㎞以上50㎞未満	26,200円	29,100円	＋2,900円
50㎞以上55㎞未満	28,000円	32,300円	＋4,300円
55㎞以上60㎞未満	29,800円	35,500円	＋5,700円
60㎞以上	31,600円	38,700円	＋7,100円

詳細は次のURLよりご確認頂けます。
令和7年人事院勧告（人事院）
人事院勧告が所得税法に与える影響は法令等に明確に規定されていないようですが、所得税法第9条第1項第5号（非課税所得）に規定されている「一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分として政令で定めるもの」の判断基準として、人事院が定める国家公務員の通勤手当支給額が準用されているのが実務上の慣行のようです。
よって、国税庁では次のとおり注意を促しています。
「この人事院勧告を受け、今後、通勤手当に係る所得税の非課税限度額の改正が行われる場合には、年末調整での対応が必要となることがあります。年末調整を行う前には、本ページで最新情報を必ずご確認いただきますようお願いします。」
通勤手当の非課税限度額の改正について（国税庁）
2025年4月よりマイカー通勤の非課税限度額が遡及適用されることは現時点（2025年9月29日時点）で未定です。
2025年4月よりマイカー通勤の非課税限度額が遡及適用される決定がなされた場合は実務における影響は甚大です。
今後動向を注視する必要があります。